サムスのシップ（船）はプレイヤーの本部。まずは操作に慣れよう。
画面の周囲のポインタを移動することにより、シップの様々な操作を行うことができる。
シップが間違った方向を向いている。足の間にあるコントロールパネルにカーソルを合わせ、Aを押す。
これで銀河連盟に向かう。許可を要請されるので、上を見上げて天井の円形のラジオと交信する。
画面上の4つのアイコンはプレイヤーのトランスミッションキー。画面の周りにあるボタンを使い、それらの4つと同じシンボルを再入力する。
プレイヤーの意志が伝わると、連邦はシップの着陸を許可する。
スラスター（反動推進エンジン）を起動させるには、左側の大きなボタンを押してスラスター制御装置を引き出し、Wiiリモコンを画面の方へ押し出す。
次にオリンパスを目指そう。
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任務1： ブリーフィングルームを目指す。
オリンパスにドッキングした後、4つの円形のターゲットまで進み、１つづつロックオンして素早く撃つ。そのターゲットを取り除くと、1人のソルジャーが近づいてきて、デーン提督がブリーフィングルームでプライヤーを待っていると警告する。
右側の斜面を駆け上がり、青いドアを通り、いくつかのドアを撃って開いてドッキングベイアクセスへ。
ガードらの右側にある光るパッドの上に乗ると、ターゲットの練習のミニゲームを行なうことになる。
トレーニングドローンのどちらか1つを撃つことで始まり、最終的にそのドローンを地面に着かせることなく長い間空中に浮かせる。プレイヤーがドローンを撃つたびに1Pを獲得でき、10Pに達すると「ゴールドクレジット」を入手できるが、20Pだと「フレンドチケット」を獲得できる。
射撃はAボタンで行なう。ターゲットは1つにしぼり、できるだけ速く撃つ。天井まで飛び上がってしまい、見えなくなってしまうので、ある程度の高さまで撃ち上げたら少し撃つのを止め、撃ち上げたそのドローンが地面に着くだろう場所にカーソルを合わせておいて、それから再び射撃を行なうといい。うまくいけばリバウンドさせることができる。スコア20Pを目指そう。
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部屋の奥にいるスペシャリストに話しかけると、通路の装置が動かなくなっていることがわかる。そのスペシャリストの頭上に光る2つの円形パネルがある。その両方をチャージショットで撃つと、通路で起こっている問題が解決され、上の階へと続く2つの斜面が持ち上がってくる。
2階へ上がったら北のドアを通ってドキングベイ4ヘ。
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部屋の外へと続くドアを通るにはパスコードが必要。中央の柱にあるインフォメーション・ターミナルをスキャンし、ロックされているドアに向かってそれを起動し、「アクセスコードを押す」を選択し、ドアのパスコード「13576」を取得する。
ロックされたドアのそばにあるターミナルをスキャンし、キーパッドを引き出し、先程取得したパスコード13576を入力し、エンターキーを押してドアを開いてセキュリティステーションへ。
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このセキュリティステーションで初めてバウンティハンターの姿を見る。
格納エリアからそのバウンティハンターが出たら、左側にあるドアコントロールと交信し、画面の指示（Wiiリモコンをプレイヤーの方に引き、反時計回りにねじってコントローラをTVの方へ押す）に従ってドアを開いて格納エリアに入る。
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破壊工作兵が彼ら自身の小さなDNAの実験をした後、その実験が終了する際に下ろされるバイオハザードスキャナーと交信し、ドアコンコントロールの2つめのセットを使って部屋から出て、セキュリティアクセスへ。
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ハンドスキャナと交信して、前方の突き当たりにあるリフトを起動させる。そのリフトの上に出現するホログラムの中に踏み込み、上の階へ。
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[エリア： フラグブリッジ]
部屋を進んでいき、右側のドアを通り、部屋の脇にある斜面のどちらかを登って、開錠されているドアを通って南東へ。
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右側のドアが1組の箱によって塞がれているので、チャージショットでその箱を吹き飛ばし、中に入ってセーブポイントへ。
ホールの向こう側の突き当たりのドアは今はロックされているので、前の部屋に戻って、北東のドアをふさいでいるガードと会話する。
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ホールを進んでレディルーム（乗員待機室）に入り、デーン提督と会う。
- 任務1達成 -
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