任務： 爆弾装置（2/3）を回収する。
[エリア： ピストンホール]
崖を越えていくと、故障しているハッチが制御できないほど回っている。ハッチの開いている方がプレイヤーの方を向いている時にスクリュージャンプを使うことでかろうじて通り抜けることができる。
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壊れた回路にプラズマを発射し、前方のプラズマドアを通って先へ。
出口の側には2番目の壊れた回路があり、それも修復可能だが、エレベーターに乗ってもこの階の上の階に戻るだけ。しかも2つ目の爆弾装置を入手してからのことなので、まだ持っていないから、今ここを修復する必要はない。
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[エリア： メンテナンスシャフトCC]
スクリュージャンプで崖を飛び越えることができるが、瓦礫が邪魔になっている。天井沿いにつかめる場所があるので、そこに飛びついて反対側のドアまで行く。
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[エリア： ジップラインステーション・デルタ]
崖を越えて向こう側のドアまで到達するのには、浮いている3つの台がポイントとなる。スクリューアタックを使ってその台から台へと飛び移り、回転しているゲートの開いている部分にタイミングよくジャンプすること。またスクリューアタックの間に時間の間隔をあけないと、十分に遠くまでジャンプできないので注意。3つめのゲートは少し特殊で、ゲートの開いている場所がプレイヤーの方に向いている時にジャンプしよう。その開いている場所は、プレイヤーがジャンプして到達するまでに360度一周する。
向こう側にたどり着いたらドアを通って先へ。
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[エリア： トランジットチューブA]
プラズマドアのある右側のホールの奥にあるセーブポイントを見つけてから、別のドアを通って先へ。
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[エリア： リサーチポッドリフト]
黄色く光っているドアは無視して、右側の壁にある別のドアを通っていく。
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[エリア： ゼノリサーチAリフト]
ハンドパネルを操作してリフトに乗り、上の階へ。シールドされているエネルギータンクを迂回して、先にあるドアを通る。
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[エリア： ゼノリサーチA]
変わったドアがある所まで行き、近くにあるスピナーにモーフボールになって入り、ブーストボールを使ってそのドアを下げる。
ホールをまっすぐ進み、北西の隅にあるドアへ。
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[エリア： ゼノリサーチBリフト]
ハンドスキャナを操作してリフトを起動し、それに乗ってドアへ。
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[エリア： ゼノリサーチB]
ゼノリサーチBの様々な場所が密閉されている。
まず最初にモーフボール形態になり、最初の2つの閉込めユニットの間にあるトンネルに入り、小さな円形の部屋に入ったら、金のエンブレムを見つける。そこに爆弾をセットして床のパネルを倒し、下の階へ落ちる。
ホールの奥で右に曲がり、モーフボールのトンネルを塞いでいる損傷したカバーを見つけ、それを爆弾で吹っ飛ばして先へ進み、さらに別のカバーを破壊して出口へ。
閉込め室へと行くと、その1つにはアップグレードがあり、それを入手するには部屋の電力を切断する必要がある。
グラップリングビームで左側の壁にあるカバーをつかんで引っ張り、エネルギーセル（燃料電池）を出現させ、それを入手する。
エネルギーセルを入手すると、閉込めユニットの周囲のシールドが落ちるので、ガラスに向かってチャージショットを発射して破壊し、シーカーミサイルを入手しに行こう。
コンテナを吹っ飛ばしたら武器アップグレード「シーカーミサイル」を入手する。これによりミサイルを一度に5発まで発射できるようになる。十字キーで敵をロックオンし、これまではできなかったような攻撃が可能で、新しいエリアへと続くドアを複数開くこともできる。
電源は切れ、出口が閉じられる。ここでシーカーミサイルを使って、十字キーを押してドアの黄色い光5つ全てをハイライトし、発射。その5つの黄色い光全てに同時にミサイルがヒットすれば、ドアを開くことができる。
停電によって、ポッドに閉じ込められていたメトロイド達は全員逃げ出した。
ラボを通って引き返していくと、先ほどのようにマルチロックのドアがあり、そしてフェイゾン・メトロイドが1体いる。
フェイゾン・メトロイドは、顔面に飛びついて、そこから体力を吸い取る。もしこうなったらすばやくモーフボールに変形し、爆弾をセットして吹っ飛ばそう。アイスミサイルで凍らせてからチャージショットを撃ち込んで倒すといい。グループで襲い掛かってくる時はハイパーモードで対応しよう。
マルチロックのドアにシーカーミサイルを使って、ホールを進んで別のドアへ。そこにも2体目のメトロイドがいる。
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ゼノリサーチAまで戻り、マルチロックのドアへ。リフトから右左左右と曲がって進むとたどり着く。
シーカーミサイルでそのマルチロックのドアを開いて先へ進み、襲ってくる3体のメトロイドに対処して奥のドアを通る。
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ゼノリサーチAリフトに乗って下へ降り、ドアを通って出る。
リフトに乗る前に、ガラスのコンテナをチャージショットで破壊して。スーツアップグレード「エネルギータンク」を入手しよう。
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リサーチポッドリフトから出たら右に曲がり、シーカーミサイルを使ってマルチロックのドアの黄色い光それぞれにミサイルを撃ち込み、中のリフトに乗ってドアへ。
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ジップライン等を通ってコンコースまで戻る。この部屋の中央に2つめの爆弾装置があるが、3つの大きなクランプで抑えられていて、各々4つのケーブルによって電力を供給されている。シーカーミサイルを使って、3つ全てのクランクを破壊する。
部屋に入った場所から左側にモーフボール用のトンネルがある。そこを進むと武器アップグレード「ミサイルタンク」があり、さらに最初のクランプを見下ろせる窓がある。そこからシーカーミサイルを使って、一度に4つのケーブルをロックオンして、1つめのクランプを破壊する。
トンネルを戻り、壁にある別のマルチロックのドアを見つけ、それをシーカーミサイルで吹っ飛ばしてリフトを出現させ、それで下の階へ。爆弾装置へと通じる通路にたどり着いたら、上を見て2つめのクランプを見つけ、それを以前と同様に破壊して、通路を向こう側まで進み、振り返って最後のクランプを見つけて破壊する。
3つ全てのクランプを破壊すると、ハンガードアが開き、プレイヤーのシップが入れるようになる。
コマンドバイザーを使って2つめの爆弾装置（2/3）をスキャンし、シップに回収させる。
- 任務達成 -
残りの1つはスカイタウンの西側のトランジットハブにある。
最下階のドアから部屋を出て、スカイトラム（ロープウェイ）まで戻り、それに乗って西側へ向かい、経路を進む。スクリューアタックで部屋を出て、外側へ向かって反対側のドアからスパイアポットへ。台の右側にあるキャノンを使ってオーロラユニット管理ルームまで吹っ飛び、外側に戻るまで進む。ジップラインステーション・ブラーヴォから、ジップラインは使わずに、4つのターゲットにシーカーミサイルを使ってアンロックすることで使えるキャノンを使ってトランジットハブまですっ飛んで行こう。
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