着陸したら前方のドアを通ってホールを進み、別のドアへ。そこにあるクロールタンクはハイパーモードで破壊できる。
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[エリア： リフトハブ]
部屋に入るとタレット（小塔）が下りてきて、銃撃してくる。かなり装甲が堅いので、ハイパーモードを使った方がいいだろう。
この部屋には突き当たりにリフトと、左右両側にロックされたドアがそれぞれある。どちらのドアも開くにはまだ入手してないアップグレードが必要になるので、リフトに乗ってターミナルを操作し、最上階へ。
リフトから降りたらホールを進み、ドアを通って中央司令部メインヤードへ。
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[エリア： 中央司令部メインヤード]
中央司令部メインヤードの屋外は、酸性雨が降り注いでいて、その酸性雨はプレイヤーのスーツにわずか数秒で損傷を与えてしまうため、できるだけ酸性雨を回避して進む必要があり、このエリア内での移動が制限されることになる。
北東には、この施設のほかのエリアへと通じるトンネルがあるアルコーブ（くぼんだ場所）が1ヶ所ある。頭上にある管によって酸性雨の影響から逃れて歩いていける通路を通っていけば、そこまで安全に行くことができる。
エアダクト（通気管）を塞いでいるファン（換気扇）の動力を切る必要がある。
つかめる場所から壁を登っていき、ファンの右側にあるトンネルに入り、右側に少し跳んで管に入って進み、2つに分岐している場所へ。
その分岐に到達したら、左側のルートを進むと武器アップグレード「ミサイルタンク」がある。
分岐の右ルートを進み、右側に隙間のある場所へ。そこに入ってトンネルを出て、通路へ。
通路に出たら、近くの壁から「エネルギーセル」を入手し、ファンの動力を落とす。合計3つあるので、その全てのエネルギーセルを入手してファンの動力を落とそう。
エネルギーセルを入手したらモーフボール用のトンネルに戻り、ファンのある部屋へ戻る。今は動力が切れてファンが止まっているので、モーフボール形態で安全にファンを通り抜けて向こう側へ行ける。
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[エリア： フラックス・コントロール]
ホールの奥の穴に落ち、突き当たりまで進むと、そこに2つのモーフボール用のトンネルの入口があり、1つはハッチで塞がれている。右側のトンネルはこの後入手するアップグレードが必要になるので、そちらには行かず、グラップリングビームでハッチを開き、左側のトンネルを進もう。
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[エリア： コマンド・ステーション]
シャフトからこの部屋に落ちて、右の経路を進んでいった所にあるアルコーブに少しジャンプして行き、武器アップグレード「ミサイルタンク」を入手。
シャフトを落ちると床下に到達し、そこから上で作業をしているスペースパイレーツを監視しよう。
経路に沿って左へ進み、リフトに乗って先へ。
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[エリア： 科学研究センター]
このエリアに出ると、ハッチの閉じているトンネルと、まだ操作できないターミナルがあるが、そのターミナルを操作できるようにするアップグレードが天井に吊るされている。
モーフボールのトンネルを塞いでいるハッチのある壁の方へ戻り、そこから見上げると、マルチロック系のがある。例の如くシーカーミサイルで全てを撃ち落し、吊るされているアーマースーツのアップグレード「X-RAYバイザー」を床に落として入手しよう。これにより、より様々なタイプのターミナルを操作したり、敵の弱点を発見できるようになる。
-ボタンを押して左下のバイザーを選択すると、ターミナルにボタンが見えるようになるので、ディスプレイの中央に出現するボタンを同じ順番で、画面の周囲にあるボタンを押していこう。シップのラジオとちょうど同じ。
アンロックコードの入力に成功すると、爆発物のコンテナを運んでいるベルトコンベヤーが天井で起動して動き始めるので、そのコンテナがトンネルを塞いでいる所を通り過ぎたら撃ってその障害物を破壊し、先へ進もう。
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フェイゾンで覆われたゲートが閉じて出口が塞がれてもすぐに開けることができるので問題ない。ホールの奥にある青いドアを通って出る。
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[エリア： セキュリティ・エアロック]
ゲートの中央で武器アップグレード「ミサイルタンク」を入手。
大きなゲートを開くにはX-RAYバイザーを起動して回っている円のエンブレムを見つけて、5つの場所それぞれを撃つ。
ゲートを開いたら床のスロットに入り、台に乗って反対側へ行き、ドアを通ってリフトへ。
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リフトに乗って最初の階まで下り、X-RAYバイザーを使ってリフトの左側のドアを開き、X-RAYバイザーを使用したままターミナルを操作し、表示されるコードを入力してドアを開き、マップルームへ入り、中でこのエリアのマップを取得しよう。
その後、1人の捕虜の連邦の隊員から、彼が酸性雨の通り抜け方の情報を知っているということを無線連絡で受ける。
まず最初にその捕虜の連邦の隊員を探し出す。その捕虜の連邦の隊員はプレイヤーのマップに自分の居場所をダウンロードする。ランディングサイトにあるシップまで戻り、目的地をリサーチ施設に設定しよう。
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