任務1： アシッドシールドユニットの発見。
パイレーツの基地にはエネルギーバリアがあり、それによって艦隊が攻撃されるのを防いでいるという報告を司令官から受ける。
目標としてマップに示されているクレーンヤードへ向かう。
シップの裏側にある経路からステーション1-Aで列車に乗り、ステーション1-Bへ。
ガンドレイダと戦った実験場に入り、リフトに乗って下へ降り、ドアを通ってクレーンヤードへ。
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左側の壁にあるレールにくっついて進み、小部屋に落ちる。窓越しにハザードシールドが見えるが、まだそこまで行くことができないので、壁にある別のモーフボール用のトンネルに入って塔のふもとへ。そこに2つのボールスロットがあり、左側のスロットは最下部の場所を回転し、右側は最上部を回転させる。ブーストボールを使って両方を回転させると、先に進むためのレール位置を調節することができる。またレール位置の調整によって、武器アップグレード「ミサイルタンク」の所へ塔を回転させることができるので、先に進む前にこれも入手しておこう。
レールの調節が完成したらスパイダーボールを使ってレールを登っていき、コントロールルームへ。そこでハンドパネルを操作して、「ハザードスーツ」を入手しよう。これを装備すると、酸性雨や燃料ゲルさえも難なく通過することができるようになる。
- 任務1達成 -
任務2： 酸性雨を通過する。
ハザードスーツを入手したとたんに1組のスペースパイレーツが窓をぶち破って襲い掛かってくる。
そいつらを倒すと、下の中央の構造物の南側に別のハンドパネルが出現するので、そこに降りてそのパネルを操作し、ガラスの障害物を開いて高段へ。
ここでもスペースパイレーツの群れが襲ってくるが、それは無視して素早く台を登ってその高段の上に上がり、ドアを通ってエアロックへ。
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下の階へ降りていき、酸性雨を通り抜けて、上のつかめる場所に跳び、左側にフェイゾンがいくつかあるので、ハイパーモードを発動してそれを破壊するとドアが出現する。
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[エリア： メトロイド・クレイシー]
円形の構造物があるが、最初のは通り過ぎて、ボールのホログラムのある2番目の円形の構造物の所まで行く。その中にモーフボール形態で入ってブーストボールを使って地上から上昇させ、それが頂上に達すると天井のスロットにプレイヤーを撃ちこむので、そこに爆弾をセットして最初の円形の台を起動し、そこへ行って先ほどと同じようにしてその台を上昇させて、天井に撃ち込まれたらそこに爆弾をセットすると、ボスが登場する。
[BOSS： メトロイドハッチャー（Metroid Hatcher）]
ボスとしては相当に弱い。つっ立ったままですらたいしたダメージを受けることはない。
ハッチャーの4本の触手の先にある球をそれぞれ引っ込めるまで撃ち、4本全ての触手を引っ込めて、口が光りだしたらそこを狙って撃ち気絶させ、気絶している隙に触手の1本をつかんで引っぺがす。これを繰り返して4本全ての触手を引っぺがせば倒せる。
ハッチャーは2つある攻撃手段を交互に変えてくる。1つは触手を伸ばしての高速回転、もう1つは普通の突進。
まず4本の触手のふもとにある各々の球を、ハッチャーが自分の体の中に触手を全て引っ込めるまで撃ち、口が紫色に光りだしたらすばやくその口を撃って気絶させる。これに失敗すると、ボスよりも強い（笑）メトロイドが1体出現する。
ボスを気絶状態にさせたら駆け寄ってどれかの触手をつかみ、触手が消え去るまで引っ張る。これをあと3回繰り返せば倒せる。
ボスを倒すと最後の円形の台が起動するのでその中に入り、ボーストボールで持ち上げて、天井のモーフボール用のトンネルの中に飛ばしてもらおう。
そのトンネルの中間ほどの所の、上にレールの付いた天井に、隙間が1箇所ある。そこに跳んでスパイダーボールでレールを進んでいくと、その奥に武器アップグレード「エネルギータンク」がある。いくつかの場所を渡るためにブーストボールを何回か使う必要があることを覚えておこう。
トンネルの一番奥にあるスロットに爆弾をセットし、スクリューアタックを使う場所を1組出現させて、ドアまで行こう。
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[エリア： 物質輸送ルート3-A]
右側の部屋でセーブをしたら、物質輸送ルートにあるハンドパネルを操作して列車を呼び出す。まず最初にその左側の部分をスキャンしてエネルギーを送り込むこと。
そうしたら列車に乗って操作を行い、物質輸送ルート3-Bへ。
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